Parameter priors

AR1 model analyses:

NuPrimeMu NuPrimeSa KappaMu KappaSa OmegaMu OmegaSa mMu mSa PhiMu PhiSa Sig2Mu Sig2Sa
A25 128 1 NaN, -Inf NaN, 0 NaN, -2, 0 NaN, 16, 0 NaN, 1, 1 NaN, 0.5, 0 NaN, -2.2, -Inf NaN, 2, 0 0, 4 0, 0
A26 128 1 NaN, -Inf NaN, 0 NaN, -2, 0 NaN, 16, 0 NaN, 1, 1 NaN, 0.25, 0 NaN, -2.2, -Inf NaN, 2, 0 0, 4 0, 0
A27 128 1 NaN, -Inf NaN, 0 NaN, -2, 0 NaN, 16, 0 NaN, 0, 1 NaN, 1, 0 NaN, -2.2, -Inf NaN, 2, 0 0, 4 0, 0
A28 128 1 NaN, 0 NaN, 0 NaN, -2, -6 NaN, 16, 16 NaN, 0, 1 NaN, 1, 0 NaN, -2.2, -Inf NaN, 2, 0 0, 4 0, 0
A29 128 1 NaN, 0 NaN, 0 NaN, -2, -6 NaN, 16, 16 NaN, 0, 1 NaN, 1, 1 NaN, -2.2, -2.2 NaN, 2, 2 0, 4 0, 0
A31 128 1 NaN, -Inf NaN, 0 NaN, -2, 0 NaN, 16, 0 NaN, -Inf, -Inf NaN, 0, 0 NaN, -2.2, -Inf NaN, 2, 0 0, 4 0, 0
A32 128 1 NaN, -Inf NaN, 0 NaN, -2, 0 NaN, 16, 0 NaN, -Inf, -Inf NaN, 0, 0 NaN, -Inf, -Inf NaN, 0, 0 0, 4 1, 0
A33 128 1 NaN, -Inf NaN, 0 NaN, -2, 0 NaN, 16, 0 NaN, -Inf, -Inf NaN, 0, 0 NaN, -2.2, -Inf NaN, 2, 0 0, 4 1, 0

——————————————————————————————-

Test of ANOVA assumptions

Shapiro-Wilk tests of normality of residuals
[<0.05 = NOT normal]
Model_names SW_omega2 SW_omega3 SW_nu SW_M2 SW_M3 SW_phi2 SW_phi3
1 A25 0.0932 0.00666 0.00038 1.21e-19 0.00022
2 A26 0.269 0.0108 0.646 1.21e-19 0.000787
3 A27 0.0112 0.00527 0.0432 1.21e-19 3.08e-05
4 A28 0.0687 6.8e-15 0.00356 0.0324 1.21e-19 3.36e-06
5 A29 0.0225 3.78e-13 0.00505 0.039 3.81e-13 2.87e-05 4.24e-15
6 A31 0.000953 0.00506 1.64e-10
7 A32 2.08e-05 0.00158
8 A33 0.000956 0.00507 1.64e-10

Test for homoskedasticity (homogeneity of variance)

Brown-Forsyth test (uses the median - more robust to outliers)
[<0.05 = VIOLATION of homogeneity of variance]
Model_names BF_omega2 BF_omega3 BF_nu BF_M2 BF_M3 BF_phi2 BF_phi3
1 A25 0.000877 0.195 0.926 0.00547
2 A26 0.00722 0.158 0.685 0.00856
3 A27 0.00674 0.0876 0.329 0.00176
4 A28 0.00572 0.0621 0.107 0.49 0.00445
5 A29 0.00304 0.0319 0.0763 0.437 0.0585 0.00338 0.0814
6 A31 0.488 0.908 0.0108
7 A32 0.515 0.706
8 A33 0.489 0.908 0.0108

——————————————————————————————-

Fit - beads of opposite colour (BOOC) for selected analyses

Analysis_no. Fit_BOOC
1 A25 0.0082
2 A26 0.0087
3 A27 0.00801
4 A28 0.0081
5 A29 0.00731
6 A31 0.0219
7 A32 0.0213
8 A33 0.0219

——————————————————————————————-

Means, SDs, ANOVA summaries and post-hoc tests

Mean/SD table

Om2   Om3   log(Nu)   M2   M3   Phi2   Phi3
Mean SD   Mean SD   Mean SD   Mean SD   Mean SD   Mean SD   Mean SD
A25
  Ctrl -3.44 1.42   0 0   3.86 1.02   1.71 1.21   1 0   0.23 0.204   0 0
  Pat -1.7 2.51   0 0   3.6 1.36   1.37 0.945   1 0   0.432 0.282   0 0
  Psych ctrl -2.22 2.7   0 0   3.3 1.4   1.16 0.991   1 0   0.36 0.302   0 0
A26
  Ctrl -3.66 1.57   0 0   3.72 1.06   1.71 0.692   1 0   0.23 0.187   0 0
  Pat -1.72 2.49   0 0   3.55 1.36   1.36 0.798   1 0   0.442 0.291   0 0
  Psych ctrl -2.74 2.64   0 0   3.21 1.44   1.28 0.709   1 0   0.305 0.294   0 0
A27
  Ctrl -3.28 1.48   0 0   4.01 0.966   3.24 1.92   2.72 0   0.147 0.177   0 0
  Pat -1.66 2.41   0 0   3.62 1.34   1.79 1.46   2.72 0   0.422 0.311   0 0
  Psych ctrl -2.51 2.63   0 0   3.32 1.43   1.96 1.88   2.72 0   0.253 0.284   0 0
A28
  Ctrl -4.24 1.49   -6 0.0143   4 0.974   3.18 1.85   2.72 0   0.139 0.164   0 0
  Pat -2.43 2.44   -6.01 0.0326   3.56 1.32   1.81 1.47   2.72 0   0.38 0.298   0 0
  Psych ctrl -3.14 3   -5.98 0.0831   3.38 1.43   1.9 1.87   2.72 0   0.285 0.3   0 0
A29
  Ctrl -4.52 1.37   -6 0.00598   4.01 0.958   3.2 1.89   2.04 0.591   0.157 0.191   0.0884 0.0394
  Pat -2.66 2.58   -5.98 0.0413   3.61 1.34   1.81 1.54   2.11 0.605   0.419 0.307   0.135 0.131
  Psych ctrl -3.19 2.84   -5.99 0.0467   3.4 1.41   2.03 1.93   2.58 2.13   0.271 0.273   0.0819 0.0224
A31
  Ctrl -1.25 1.44   0 0   2.6 1.2   0 0   0 0   0.0696 0.123   0 0
  Pat -0.081 1.4   0 0   2.45 1.22   0 0   0 0   0.163 0.217   0 0
  Psych ctrl -0.666 1.85   0 0   2.6 1.17   0 0   0 0   0.225 0.255   0 0
A32
  Ctrl -1.38 1.55   0 0   2.66 1.21   0 0   0 0   0 0   0 0
  Pat -0.46 1.13   0 0   2.28 0.992   0 0   0 0   0 0   0 0
  Psych ctrl -1.45 1.57   0 0   2.4 1.07   0 0   0 0   0 0   0 0
A33
  Ctrl -1.25 1.44   0 0   2.6 1.2   0 0   0 0   0.0695 0.123   0 0
  Pat -0.0811 1.4   0 0   2.45 1.22   0 0   0 0   0.163 0.217   0 0
  Psych ctrl -0.666 1.85   0 0   2.6 1.17   0 0   0 0   0.225 0.255   0 0

ANOVA model summaries table

Om2   Om3   log(Nu)   M2   M3   Phi2   Phi3
F(2,80) p   F(2,80) p   F(2,80) p   F(2,80) p   F(2,80) p   F(2,80) p   F(2,80) p
A25 5.2 0.0075     1.5 0.24   1.9 0.16   0.65 0.53   4.9 0.01  
A26 5.8 0.0043     1.1 0.33   2.9 0.059   0.65 0.53   5.2 0.0073  
A27 4.3 0.017     2.3 0.11   6 0.0036   0.65 0.53   8.8 0.00036  
A28 4.9 0.0095   1.8 0.17   2 0.14   5.9 0.004   0.65 0.53   7.2 0.0014  
A29 5.7 0.0049   1.4 0.26   1.9 0.16   5.3 0.0071   1.5 0.23   8 7e-04   3.6 0.032
A31 4.2 0.018     0.13 0.88       4.7 0.012  
A32 3.8 0.027     0.91 0.41        
A33 4.2 0.018     0.13 0.88       4.7 0.012  

Tukey HSD post-hoc tests

Om2   Om3   log(Nu)   M2   M3   Phi2   Phi3
p.adj   p.adj   p.adj   p.adj   p.adj   p.adj   p.adj
A25
  Pat-Ctrl 0.0077     0.69   0.45   1   0.0092  
  Psych ctrl-Ctrl 0.1     0.21   0.15   1   0.15  
  Psych ctrl-Pat 0.68     0.68   0.78   1   0.61  
A26
  Pat-Ctrl 0.0029     0.86   0.17   1   0.005  
  Psych ctrl-Ctrl 0.27     0.3   0.081   1   0.52  
  Psych ctrl-Pat 0.25     0.63   0.92   1   0.16  
A27
  Pat-Ctrl 0.013     0.44   0.0071   0.61   0.00021  
  Psych ctrl-Ctrl 0.38     0.098   0.027   0.63   0.27  
  Psych ctrl-Pat 0.37     0.68   0.94   1   0.062  
A28
  Pat-Ctrl 0.0079   0.79   0.36   0.0094   0.61   0.0011  
  Psych ctrl-Ctrl 0.18   0.36   0.15   0.022   0.63   0.085  
  Psych ctrl-Pat 0.52   0.16   0.86   0.98   1   0.4  
A29
  Pat-Ctrl 0.0053   0.25   0.42   0.011   0.98   0.00043   0.058
  Psych ctrl-Ctrl 0.077   0.54   0.16   0.049   0.23   0.22   0.95
  Psych ctrl-Pat 0.69   0.9   0.82   0.91   0.37   0.12   0.054
A31
  Pat-Ctrl 0.013     0.89       0.16  
  Psych ctrl-Ctrl 0.35     1       0.011  
  Psych ctrl-Pat 0.4     0.9       0.52  
A32
  Pat-Ctrl 0.042     0.4        
  Psych ctrl-Ctrl 0.99     0.67        
  Psych ctrl-Pat 0.056     0.93        
A33
  Pat-Ctrl 0.013     0.89       0.16  
  Psych ctrl-Ctrl 0.35     1       0.011  
  Psych ctrl-Pat 0.4     0.9       0.52  

Parametric effect sizes (eta-squared)

Om2   Om3   log(Nu)   M2   M3   Phi2   Phi3
A25 0.12     0.035   0.046   Inf   0.11  
A26 0.13     0.027   0.068   Inf   0.12  
A27 0.097     0.054   0.13   Inf   0.18  
A28 0.11   0.043   0.048   0.13   Inf   0.15  
A29 0.12   0.033   0.045   0.12   0.036   0.17   0.083
A31 0.096     0.0033       0.1  
A32 0.086     0.022        
A33 0.096     0.0033       0.1  

——————————————————————————————-

Non-parametric tests (Kruskal-Wallis)

Om2   Om3   log(Nu)   M2   M3   Phi2   Phi3
Chi sq(2, n=83) p   Chi sq(2, n=83) p   Chi sq(2, n=83) p   Chi sq(2, n=83) p   Chi sq(2, n=83) p   Chi sq(2, n=83) p   Chi sq(2, n=83) p
A25 6.84 0.033     2.55 0.28   6.19 0.045     5.68 0.058  
A26 7.76 0.021     2.08 0.35   4.81 0.09     6.59 0.037  
A27 4.8 0.091     3.11 0.21   8.75 0.013     17.3 0.00018  
A28 7.23 0.027   0.224 0.89   3.59 0.17   9.16 0.01     15.1 0.00053  
A29 6.25 0.044   0.181 0.91   2.93 0.23   8.12 0.017   0.301 0.86   15.9 0.00035   2.58 0.28
A31 8.42 0.015     0.28 0.87       14.2 0.00083  
A32 8.52 0.014     1.09 0.58        
A33 8.42 0.015     0.28 0.87       14 0.00091  

Post-hoc non-parametric tests (Dunn test)

Om2   Om3   log(Nu)   M2   M3   Phi2   Phi3
A25
  Pat-Ctrl 0.016     0.28   0.11     0.026  
  Psych ctrl-Ctrl 0.12     0.17   0.026     0.19  
  Psych ctrl-Pat 0.2     0.34   0.22     0.19  
A26
  Pat-Ctrl 0.0082     0.32   0.12     0.021  
  Psych ctrl-Ctrl 0.1     0.23   0.065     0.39  
  Psych ctrl-Pat 0.19     0.36   0.32     0.054  
A27
  Pat-Ctrl 0.044     0.29   0.018     5.3e-05  
  Psych ctrl-Ctrl 0.27     0.13   0.016     0.11  
  Psych ctrl-Pat 0.17     0.26   0.5     0.01  
A28
  Pat-Ctrl 0.011   0.43   0.21   0.013     0.00015  
  Psych ctrl-Ctrl 0.21   0.73   0.11   0.016     0.043  
  Psych ctrl-Pat 0.11   0.96   0.29   0.44     0.061  
A29
  Pat-Ctrl 0.024   1   0.26   0.02   0.88   9.9e-05   0.25
  Psych ctrl-Ctrl 0.12   0.78   0.15   0.023   0.79   0.047   0.28
  Psych ctrl-Pat 0.24   0.46   0.31   0.47   0.41   0.045   0.18
A31
  Pat-Ctrl 0.0056     0.69       0.00089  
  Psych ctrl-Ctrl 0.15     0.44       0.0057  
  Psych ctrl-Pat 0.11     0.92       0.31  
A32
  Pat-Ctrl 0.019     0.47        
  Psych ctrl-Ctrl 0.25     0.53        
  Psych ctrl-Pat 0.01     0.37        
A33
  Pat-Ctrl 0.0056     0.69       0.00092  
  Psych ctrl-Ctrl 0.15     0.44       0.0061  
  Psych ctrl-Pat 0.11     0.92       0.3  

Non-parametric effect sizes

(Eta-squared = Kruskal-Wallis Chi-sq statistic / N-1)
Om2   Om3   log(Nu)   M2   M3   Phi2   Phi3
A25 0.0834     0.0311   0.0755     0.0693  
A26 0.0946     0.0254   0.0587     0.0804  
A27 0.0585     0.0379   0.107     0.211  
A28 0.0882   0.00273   0.0438   0.112     0.184  
A29 0.0762   0.00221   0.0357   0.099   0.00367   0.194   0.0315
A31 0.103     0.00341       0.173  
A32 0.104     0.0133        
A33 0.103     0.00341       0.171  

——————————————————————————————-

Plots

Box & density plots of parameter posteriors